Q.決算が赤字の場合、ペナルティなどありますか?

ペナルティはありません。

医療法人の赤字は、発生年以後10年間の黒字と損益通算できます。
但し、赤字状態が何年も続く場合は、行政庁に状況説明や事業政権計画書の提出などを求められる場合があります。